המוזיאון ממוקם בשער יפו, הכניסה הראשית לעיר העתיקה, בתוך מצודה
עתיקה ומשומרת ובה שרידים ארכיאולוגיים מ-8 תקופות היסטוריות. תצוגת הקבע החדשה ממוקמת בחדרי המשמר המקוריים של המצודה ומציעה
למבקרים לצאת יחד למסע אל טבור העולם, בעקבות העיר המקודשת לשלושת הדתות. בתערוכה החדשה
עשר גלריות המשלבות טכנולוגיה חדשנית, מיצגים אינטראקטיביים, ממצאים ארכיאולוגיים
ודגמים היסטוריים, ומספרות את סיפורה המסעיר של ירושלים לאורך התקופות, מהעת
העתיקה ועד ימינו. בראש מגדל פצאל, שבנה המלך הורדוס לפני כאלפיים שנה שוכנת התצפית היפה
ביותר בירושלים, 360° של נוף מרהיב אל עבר המזרח והמערב, העיר העתיקה והחדשה, העבר
והעתיד. זוהי הזדמנות לראות בעיניים מנקודה אחת את הסיפורים שהופכים את ירושלים
לעיר חשובה וקדושה לכל כך הרבה אנשים.